Kewajiban Pajak bagi Lembaga Nirlaba:

1. Kewajiban mendaftarkan diri
   Bagi lembaga nirlaba yang berbadan hukum perkumpulan, yayasan, organisasi masa yang memenuhi syarat sebagai wajib pajak, wajib mendaftarkan sendiri ke KPP atau KP2KP untuk memperoleh NPWP.
   Data pendukung yang perlu disiapkan oleh wajib pajak untuk mengisi formulir permohonan antara lain sebagai berikut:
   • Akte pendirian dan perubahannya
   • Fotocopy KTP Penanggungjawab dan Pengurus Lembaga serta
   • Surat Keterangan Domisili

   Jangka waktu penerbitan kartu NPWP dan Surat Keterangan Terdaftar paling lama pada hari kerja berikutnyasetelah permohonan pendaftaran beserta persyaratannya diterima lengkap

2. Kewajiban pembayaran, pemotongan/pemungutan dan pelaporan pajak
   Wajib pajak Badan dalam melaksanakan kewajiban perpajakannya harus sesuai dengan sistem self assesment , yaitu wajib pajak melakukan sendiri penghitungan, pembayaran dan pelaporan pajak terutang.
   1. Pembayaran pajak
      Mekanisme pembayaran pajak bagi Lembaga Nirlaba yaitu memotong penghasilan individu atau badan. Jadi kalau Lembaga membayarkan honor, uang sewa dan sebagainya maka Lembaga wajib memotong pajaknya.
      Pemotongan dilakukan untuk Pasal 21, Pasal 23 dan Pasal 4 ayat 2.
      Setelah selesai memotong, setiap bulan jumlah yang dipotong (bila ada) harus disetorkan ke kas negara. Saat ini hampir semua bank dapat menerima setoran pajak.
   2. Pelaporan Pajak
      Setelah NPWP diperoleh, pemotongan sudah dilakukan dan penyetoran ke kas negara juga dipenuhi maka kewajiban perpajakan berikutnya yaitu pelaporan sudah harus dipenuhi. Pelaporan dilakukan secara periodik yaitu setiap bulan berdasarkan jenis pajaknya (SPT Masa). Pelaporan SPT Masa wajib dilaporkan tiap bulan walaupun tidak ada pembayaran pajak, sanksi berupa denda akan dikenakan untuk pelaporan yang terlambat atau tidak melapor sebesar Rp 100 ribu.Pada setiap akhir tahun Lembaga wajib menyampaikan laporan final untuk pajak penghasilan badan (SPT PPH Badan). Untuk keterlambatan penyampaian SPT tahunan pajak penghasilan badan akan dikenakan denda Rp 1 Juta.
      Pelaporan pajak disampaikan ke KPP atau KP2KP dimana Wajib Pajak terdaftar.