Pajak Penghasilan Pasal 25 merupakan pajak yang dikenakan kepada suatu badan hukum atau wajib pajak yang berbentuk badan seperti Yayasan, Perkumpulan,Ormas dan organisasi sejenisnya. Istilah dalam UU Perpajakan adalah subyek pajak, jadi lembaga nirlaba bentuk apapun merupakan subyek pajak.

Pasal 25 dikenakan atas selisih lebih pendapatan atas biaya. Jadi pasal 25 hanya akan dikenakan ketika pendapatan suatu badan lebih besar dari biayanya. Istilah yang sering digunakan adalah obyek pajak. Jadi pendapatan seperti yang dihasilkan dari proses akuntansi, hampir semua merupakan pendapatan menurut definisi pajak. Satu-satunya pengecualiaan adalah pendapatan dari sumbangan/hibah/wakaf (rinciannya akan dibahas berikutnya. Artinya, pendapatan ini merupakan pendapatan lembaga dan dicatat oleh proses akuntansi, namun menurut UU perpajakan pendapatan jenis ini bukanlah pendapatan. Bukan obyek pajak –demikian istilahnya.

Biaya pun demikian juga. Biaya menurut proses akuntansi adalah semua pengeluaran lembaga. Sedangkan menurut UU Perpajakan hanyalah biaya usaha yang diperkenankan. Jadi ada kemungkinan biaya yang sudah dikeluarkan lembaga tidak boleh diakui sewaktu menghitung sisa lebih (ingat: sisa lebih adalah pendapatan dikurangi biaya).

Untuk sisa lebih lembaga (surplus atau keuntungan), UU Pajak secara khusus menyebutkan bahwa sisa lebih yang diterima atau diperoleh badan atau lembaga nirlaba yang bergerak dalam bidang pendidikan dan/atau bidang penelitian dan pengembangan, yang telah terdaftar pada instansi yang membidanginya, yang ditanamkan kembali dalam bentuk sarana dan prasarana kegiatan pendidikan dan/atau penelitian dan pengembangan, dalam jangka waktu paling lama 4 (empat) tahun sejak diperolehnya sisa lebih tersebut, yang ketentuannya diatur lebih lanjut dengan atau berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan.