Dari seluruh jenis pendapatan yang diperoleh lembaga nirlaba maka semua adalah obyek pajak penghasilan KECUALI:

1. Bantuan atau sumbangan, termasuk zakat yang diterima oleh badan amil zakat atau lembaga amil zakat yang dibentuk atau disahkan oleh pemerintah dan yang diterima oleh penerima zakat yang berhak atau sumbangan keagamaan yang sifatnya wajib bagi pemeluk agama yang diakui di Indonesia, yang diterima oleh lembaga keagamaan yang dibentuk atau disahkan oleh pemerintah dan yang diterima oleh penerima sumbangan yang berhak, yang ketentuannya diatur dengan atau berdasarkan Peraturan Pemerintah; dan
2. Harta hibahan yang diterima oleh keluarga sedarah dalam garis keturunan lurus satu derajat, badan keagamaan, badan pendidikan, badan sosial termasuk yayasan, koperasi, atau orang pribadi yang menjalankan usaha mikro dan kecil, yang ketentuannya diatur dengan atau berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan, sepanjang tidak ada hubungan dengan usaha, pekerjaan, kepemilikan, atau penguasaan di antara pihak-pihak yang bersangkutan;

Dari pendapatan lembaga yang obyek pajak, ada kategori pendapatan yang pajaknya sudah dipotong pihak lain. Untuk pemotongan ini ada yang pemotongan final (misalnya lembaga memiliki deposito dan bunga yang dihasilkan setiap bulan dipotong bank sebagai pajak final). Ada juga pemotongan yang tidak final, misalnya lembaga memberikan jasa konsultan kepada suatu perusahaan untuk penguatan komunitas desa. Ketika pembayaran dilakukan,perusahaan memotong pasal 23 atas nama lembaga.

Tabel Rekonsiliasi Pendapatan Akuntansi dan Pajak